管理系统开发公司 初试Seurat的V5版块
天然咱们一再强调：假如你不可爱最新版的Seurat包的单细胞理念，各人透澈是不错选择左迁这个Seurat。主淌若因为许多入门者拿到了多半的基于V4版块Seurat的教程会昆玉无措，其实很容易移动。是以咱们也在学员们的催促下转向了Seurat的V5版块，详见：从零运转建立R编程言语软件环境，并且管理系统开发公司是在视频号有直播回放，详见：
天然说咱们装配了Seurat的V5版块，然则首次使用的时间加载就报错了，如下所示：
The sp package is now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf package in place of rgdal)Error: package or namespace load failed for 'SeuratObject’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 载入了名字空间'Matrix’ 1.6-1，但需要的是>= 1.6.3不实: 无法载入程辑包'SeuratObject’
很显然是Matrix版块问题，只需要卸载它后，更新一下即可，如下所示：
> remove.packages("Matrix")从'C:/Users/jimmy/AppData/Local/R/win-library/4.3’中删除关节包(因为莫得指定'lib’)> install.packages('Matrix')将关节包装配入'C:/Users/jimmy/AppData/Local/R/win-library/4.3’(因为'lib’莫得被指定)试开URL’https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.3/Matrix_1.6-4.zip'Content type 'application/zip' length 4562987 bytes (4.4 MB)downloaded 4.4 MB接下来咱们就读取10X文献的3个模范文献，使用如下所示的例子，各人不错去我方下载 （2023-GSE202642-肝癌-成纤维单细胞亚群），著述标题是：《CD36+ cancer-associated fibroblasts provide immunosuppressive microenvironment for hepatocellular carcinoma via secretion of macrophage migration inhibitory factor》，内部的降维聚类分群如下所示：
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app开发GSE202642在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE202642 不错看到作家给出来的3个文献的抒发量矩阵：
GSE202642_barcodes.tsv.gz 569.6 Kb (ftp)(http) TSVGSE202642_features.tsv.gz 325.6 Kb (ftp)(http) TSVGSE202642_matrix.mtx.gz 666.5 Mb (ftp)(http) MTX
如下所示：
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3个文献的抒发量矩阵：这个时间使用Seurat的V5版块和之前Seurat的V4版块读取形势并莫得执行上分辨，山西管理系统开发齐是：
sce.all=CreateSeuratObject(counts = Read10X( 'GSE202642/' ) , min.cells = 5, min.features = 300,)library(stringr)sce=sce.allhead(rownames(sce@meta.data))phe=str_split(rownames(sce@meta.data),'-',simplify = T)head(phe)tail(phe)table(phe[,2])sce@meta.data$orig.ident=paste0('p',phe[,2])table(sce@meta.data$orig.ident)读取之后我就简便的查验一下这个Seurat对象内部的信息，然后遭逢第一个报错
012路比分析：上期开出红球012路比为2：1：3，近十期0路号码开出21次，1路开出20次，2路开出19次， 本期重点关注012路比0：3：3。
> as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10, 1:2])Error in as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10, 1:2]) : "counts"槽名不存在于"Assay5"类别对象中
其实是很简便的debug，只需要检讨一下这个Seurat对象结构，就知谈了：
as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10, 1:2])# 上头的不实# 不错修改为底下的两种as.data.frame(sce.all@assays$RNA@layers$counts[1:10, 1:2])as.data.frame(sce.all@assays$RNA$counts[1:10, 1:2])
果然搞不懂，为什么这样简便的bug就让各人烧毁了Seurat的V5，险些是滑寰宇之大稽。这样多东谈主学了这样久的R代码就之后照抄我的案例代码吗，不会活学活用吗？
并且，这个bug根柢就并不会影响统共这个词Seurat数据分析历程啊， 降维聚类分群仍然是ok的。
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