发布日期：2024-09-28 14:18 点击次数：67
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现时R内部绘制丛林图最佳用的R包我以为即是forestploter了，我写过多篇推文先容过丛林图，其中都用到了这个R包，比如：
用更肤浅的神气画丛林图R话语亚组分析及丛林图绘制R话语亚组分析1行代码完满！亚组分析和多身分转头的丛林图相比而况这个包的作家还在积极颐养中，莫得跑路的趋势~在R中绘制丛林图，天然我先容过许多R包，然而用到当今我最保举的总共是forestploter，莫得之一！
今天再给全球先容下如何使用这个包绘制有多列丛林的丛林图。
app开发最初全球要显著这个包的使用逻辑，我在画一个顺眼的丛林图一文中就先容过：
此包在画丛林图时，最主要的是2个部分，一个是笔墨形色部分，即图中红框框住的部分，另一部分即是中间的丛林图部分，其余的都是细节修改问题，只消弥散耐性，就一定能颐养到我方温存。
图片
forest plot其中丛林图，中间的绿色方块是均值（好像其他值），横线的两端是最大值和最小值（比如着实区间的高下限之类的），是以你若是思要画出这个丛林的部分，就需要提供3个值：中间的方块和两端的值。
交融了这个理念之后，使用这个包就容易多了。实质使用时肃肃它的条目即可，要了解其中的细节，乱写细则是不成的。最攻击的3个点是（十分攻击）：
第一位杀号：上期第一位奖号为3，第一位奖号3历史上出现694次，前100次该位开出奖号3之后，下期号码0-9出现次数从高到底分别为：号码2→14次，7→13次，3→12次，0、6、8→10次，4、5、9→8次，1→7次。
奇偶形态判断：前面10期奖号中，包含全偶形态1期，两偶一奇形态2期，两奇一偶形态3期，全奇形态4期。
使用空格完满缩进恶果添加空列以甩掉丛林笔墨形色部分的有些NA需要改成空缺常见的亚组分析的丛林图我就不展示怎样画了，全球参考前边的几篇推文吧，径直演示如何绘制多列着实区间的丛林图。
最初是准备数据：
library(forestploter)library(grid)dt <- read.csv(system.file("extdata", "example_data.csv", package = "forestploter"))dt <- dt[1:7, ]# indent the subgroup if there is a number in the placebo columndt$Subgroup <- ifelse(is.na(dt$Placebo), dt$Subgroup, paste0(" ", dt$Subgroup))# 这里的NA要改成空缺，不然会在图中清晰为NAdt$n1 <- ifelse(is.na(dt$Treatment), "", dt$Treatment)dt$n2 <- ifelse(is.na(dt$Placebo), "", dt$Placebo)# 添加两列空缺用来甩掉“丛林”dt$`CVD outcome` <- paste(rep(" ", 20), collapse = " ")dt$`COPD outcome` <- paste(rep(" ", 20), collapse = " ")# 构造着实区间，sprintf是一个十分好用的规范化函数，我方学习下dt$ci1 <- paste(sprintf("%.1f (%.1f, %.1f)", dt$est_gp1, dt$low_gp1, dt$hi_gp1), sprintf("%.1f (%.1f, %.1f)", dt$est_gp3, dt$low_gp3, dt$hi_gp3), sep = "\n")dt$ci1[grepl("NA", dt$ci1)] <- "" # 把NA酿成空缺，你可以不篡改绘图望望恶果dt$ci2 <- paste(sprintf("%.1f (%.1f, %.1f)", dt$est_gp2, dt$low_gp2, dt$hi_gp2), sprintf("%.1f (%.1f, %.1f)", dt$est_gp4, dt$low_gp4, dt$hi_gp4), sep = "\n")dt$ci2[grepl("NA", dt$ci2)] <- "" # 把NA酿成空缺底下是绘图：
# 主题建设tm <- forest_theme(base_size = 10, refline_lty = "solid", ci_pch = c(15, 18), ci_col = c("#377eb8", "#4daf4a"), footnote_col = "blue", legend_name = "Group", legend_value = c("Trt 1", "Trt 2"), vertline_lty = c("dashed", "dotted"), vertline_col = c("#d6604d", "#bababa"), # Table cell padding, width 4 and heights 3 core = list(padding = unit(c(4, 3), "mm")))p <- forest(dt[,c(1, 19, 23, 21, 20, 24, 22)], est = list(dt$est_gp1, dt$est_gp2 # ,dt$est_gp3, # dt$est_gp4 ), lower = list(dt$low_gp1, dt$low_gp2 # ,dt$low_gp3, # dt$low_gp4 ), upper = list(dt$hi_gp1, dt$hi_gp2 # ,dt$hi_gp3, # dt$hi_gp4 ), ci_column = c(4, 7), ref_line = 1, vert_line = c(0.5, 2), #nudge_y = 0.4, theme = tm)plot(p)图片
如何绘制有不同分组的丛林图呢？如下图所示，分红了Trt1和Trt2组：
图片
很肤浅，把上头注视掉的代码加上即可，如下所示。
# 主题建设tm <- forest_theme(base_size = 10, refline_lty = "solid", ci_pch = c(15, 18), ci_col = c("#377eb8", "#4daf4a"), footnote_col = "blue", legend_name = "Group", legend_value = c("Trt 1", "Trt 2"), vertline_lty = c("dashed", "dotted"), vertline_col = c("#d6604d", "#bababa"), # Table cell padding, width 4 and heights 3 core = list(padding = unit(c(4, 3), "mm")))# 第21列和第22列是咱们添加的空缺列，用来放“丛林”的# 在图中，咱们思把这两列“丛林”放在图的第4列和第7列（看着图数一数），管理系统开发价格# 是以21放在第4个，22放在第7个p <- forest(dt[,c(1, 19, 23, 21, 20, 24, 22)], est = list(dt$est_gp1, dt$est_gp2 ,dt$est_gp3, dt$est_gp4 ), lower = list(dt$low_gp1, dt$low_gp2 ,dt$low_gp3, dt$low_gp4 ), upper = list(dt$hi_gp1, dt$hi_gp2 ,dt$hi_gp3, dt$hi_gp4 ), ci_column = c(4, 7), # “丛林”在图中的位置 ref_line = 1, vert_line = c(0.5, 2), nudge_y = 0.4, theme = tm)plot(p)图片
这个包对这种情况的惩处十分奥妙。
若是你要画2个丛林，若是你只消1个组，那么你需要准备2套画丛林的数据，比如est=list(dt$est_gp1,dt$est_gp2)，就折柳对应着2个丛林中间点的值；若是你有2个组，也即是上头这个例子，那你要准备4套画丛林的数据，比如est=list(dt$est_gp1,dt$est_gp2,dt$est_gp3,dt$est_gp4)，对应磋商如下图所示：
图片
两侧端点的值，对应磋商亦然和上图同样的，是以lower和upper亦然各需要4列。这是一个倍数磋商，不知说念你看懂了没~
为了便捷你交融，我把只消1组的对应磋商也标出来：
图片
是以若是你只消1列丛林，然而有3个分组，那你就需要准备3套数据（3列est，3列lower，3列upper），若是你要3列丛林，只消1个分组，那你亦然需要准备3套数据（3列est，3列lower，3列upper），若是你要3列丛林，而况有2个分组，那你需要准备6套数据（6列est，6列lower，6列upper）。
给全球展示一个3列丛林，有2个分组的，先准备下数据：
# 再添加1列空缺用来甩掉“丛林”dt$`测试outcome` <- paste(rep(" ", 20), collapse = " ")# 添加几列画“丛林”的数据Z，偷个懒，径直复制了dt$low_gp5 <- dt$low_gp1dt$low_gp6 <- dt$low_gp3dt$est_gp5 <- dt$est_gp2dt$est_gp6 <- dt$est_gp3dt$hi_gp5 <- dt$hi_gp1dt$hi_gp6 <- dt$hi_gp4然后遴荐绘图需要的数据，绘图即可，肃肃把丛林放在正确的位置上：
# 主题建设tm <- forest_theme(base_size = 10, refline_lty = "solid", ci_pch = c(15, 18), ci_col = c("#377eb8", "#4daf4a"), footnote_col = "blue", legend_name = "Group", legend_value = c("Trt 1", "Trt 2"), vertline_lty = c("dashed", "dotted"), vertline_col = c("#d6604d", "#bababa"), # Table cell padding, width 4 and heights 3 core = list(padding = unit(c(4, 3), "mm")))# 肃肃正确遴荐你的“形色”部分和“丛林”部分p <- forest(dt[,c(1, 19, 21, 22, 25)], # 这里是遴荐“形色”部分和甩掉“丛林”的列 est = list(dt$est_gp1, dt$est_gp2 ,dt$est_gp3, dt$est_gp4, dt$est_gp5, dt$est_gp6 ), lower = list(dt$low_gp1, dt$low_gp2 ,dt$low_gp3, dt$low_gp4, dt$low_gp5, dt$low_gp6 ), upper = list(dt$hi_gp1, dt$hi_gp2 ,dt$hi_gp3, dt$hi_gp4, dt$hi_gp5, dt$hi_gp6 ), ci_column = c(3, 4, 5), ref_line = 1, vert_line = c(0.5, 2), nudge_y = 0.4, theme = tm)plot(p)图片
是不是很easy呢？
这里我值遴荐了2列形色部分，你可以字据我方的需求粗率添加。我通篇莫得给全球展示数据长什么样，然而全球我方在学习这个包的时代，一定要对照着数据和图通盘看，这么才气更好的交融这个包的理念。
除此以外，这个包的自界说空间十分大，因为是基于grid的，太解放了管理系统开发价格，行高、列宽、前欢乐、背欢乐、字体、对王人神气等等都是可以转换的，多望望匡助文档即可。
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